لشكر قزلباش به ضرب توپ و تفنگ رخنه‌ها در برج و با روى قلعه پيدا كرده ، قلعه را حربّا و قهرا گرفتند . شيخم ميرزا اسير گرديده ، به حكم نجم كشته گشت و فرمود ذكور و اناث ، كبير و صغير اهالى قلعه كه بيشتر از پانزده هزار نفس بودند ، طعمهء شمشير قزلباش گرديدند . سادات آن ولايت با اولاد و عيال پناه به مسجد جامع بردند و كس نزد امير محمد بن يوسف فرستاده ، گفتند كه ما از منتسبان خاندان على المرتضى هستيم و يقين كه لشكر قزلباش خودشان را از محبّان جد بزرگوار ما مىدانند ؛ لايق آنكه احوال ما را به امير نجم رسانيده ، عيال و اطفال ما را از قبل او ايمن سازى . امير محمد يوسف استدعاى سادات را به عرض نجم رسانيد . نجم در جواب او گفت كه ، لشكر ما ملكى را كه به جنگ مىگيرند ، بزرگ و كوچك ، سيّد و ناسيّد ، عالم و جاهل ملاحظه ننموده ، همه را مقتول مىسازند . اين لفظ را كه قزلباشان شنيدند ، به سوى مسجد شتافته ، تمامى سادات را با اولاد و عيال بعد از هتك عرض به قتل رسانيدند ! بعد از اين بىعصمتى و هتاكى و سفاكى به صوابديد بابر شاه متوجه بخارا گرديدند ؛ زيرا كه عبيدخان و جانى بيگ سلطان در بخارا بودند و خيال جنگ با قزلباشان ، در اين شهر داشتند . امير نجم ثانى كه به دو فرسخى بخارا رسيد ، شنيد كه تيمور سلطان ولد عبيدخان و ابو سعيد سلطان ولد كوجم‌خان از سمرقند با سپاه زياد بيرون آمده‌اند . امير نجم بيرام بيگ قرامانى را به دفع آنان مأمور كرد . اوزبكان كه از توجه آنان اطلاع به هم رسانيدند ، در قلعهء غجدوان درآمده ، متحصّن شدند . امير نجم آنها را محاصره نمود . تيمور سلطان و ابو سعيد سلطان فوجى از مردم خود را بيرون فرستادند تا با قزلباشان مقاتله نمايند و لشكر قزلباش آنها را استقبال نموده ، بعد از كشش و كوشش بسيار ، اوزبكان شكست خورده پناه به قلعه بردند . اما روز ديگر هم اوزبكان بيرون آمده ، باز تا مغرب جنگيدند . مغرب به قلعه رفتند . اين معامله فى ما بين فئتين به طول انجاميد و در اردوى نجم آذوقه نماند . بنابراين ، بابر پادشاه به نجم گفت ، بهتر اين است كه از غجدوان دست كشيده ، زمستان را در بلخ بگذرانيم تا آن وقت آذوقهء قلعگيان هم تمام خواهد شد ، بعد سر آنها ريخته كار خودمان را به انجام برسانيم . امير نجم قبول ننموده گفت : فردا جنگ سلطانى مىاندازيم . روز يكشنبه سوم ماه رمضان على الصباح لشكر اوزبيك از ميان درختان ظاهر شد . صورت حال آنكه چون عبيد خان و جانى بيگ سلطان شنيدند كه كار نجم ثانى در غجدوان پيش نمىرود ، لشكر زياد با هم برداشته ، بر سبيل ايلغار متوجه غجدوان شدند . بعد از وصول به غجدوان ، ملحق به ابو سعيد سلطان و تيمور سلطان شده ، به ميدان جنگ آمدند . لشكر قزلباش كه گرسنه و از فحاشى و بدرفتارى نجم به ستوه آمده بودند ، از اردوى او در رفتند و متوجه سمت خراسان شدند . نجم ثانى و بيرام بيگ لشكر اوزبيك را استقبال